冻干机的制冷及真空问题原因主要是制冷系统的配置合理性，压缩机制冷量及配套膨胀阀等部件配置的有效性来决定的，当发生真空泵进水的现象时，排除制冷工况调整问题以外，比如膨胀阀的调节、制冷系统泄漏、制冷系统各压力温度指标异常的情况。制冷的问题可从以下角度考虑分析：
1.冷凝器盘管温度无法达到，或者无法保持，甚至反弹，说明制冷能力不足。这要从提升制冷能力入手，部分情况下，冻干箱前箱的掺冷也会影响到盘管的温度。
2.极个别的时候，可能会发生盘管堵的问题，可通过观测盘管间的温差，通常情况下，盘管间的温差小于10℃是正常的，在达到稳态时，温度小于5℃是比较合理的情况。另外，可结合盘管的结霜情况来判断，如果在制冷剂蒸发的部位都不结霜，可能是有堵塞的情况。
3.真空泵进水直接的现象是：
泵头真空值低于于盘管温度对应的饱和蒸汽压，水汽根据压差直接流向真空泵。所以可根据盘管表面温度查得对应的饱和蒸汽压力，与泵头真空压力对比来判断。该项解决主要是真空泵组的配置问题，在满足冻干机的真空极限，抽空速率的要求下，可进行真空控制优化，在系统真空抽下来之后，在大量升华阶段，关闭一套真空泵组（根据具体的真空配置，对应选择关闭相应的真空泵或罗茨泵）来进行有效改善。
4.药品冻干工艺问题
部分药品的冻干周期短，升华速率快，单位时间内需要冷凝器捕集的水汽过多，导致水汽进入真空泵。所以供应商在方案阶段，有必要和药厂对升华速率进行澄清，便于系统的合理结构设计或部件选型。
5.在后箱有积水的情况下，在抽真空的时候，产生低沸，水汽进入真空泵，这要在清洗，化霜等阶段进行具体的判断。
6.如果制品中有不凝性气体，那在升华过程中，水分迁移的过程中，不凝性气体会影响盘管表面对水蒸汽的捕集。
注意！一切分析的前提要确定温度、真空的有效性，判定真空测量仪器，温度探头的有效性，同时观测温度探头测量点的合理性，包括探头的位置及探头和测量点的有效接触情况。