冷冻干燥机的过程控制系统能够分两个部分，一要冷冻干燥机的各机器设备按冻干加工工艺规定在要求的時间全自动走停，二是冷冻干燥箱板层溫度按冷冻干燥曲线图规定全自动追踪，全部冷冻干燥全过程不用一切人工服务实际操作，或许要是必须也可进行人工干涉。但有些冷冻干燥机的自动控制是不完全的，仅能自动跟踪冷冻干燥曲线，其余部分需人工操作。
有些冷冻干燥机的自动控制仅能到冻干结束，冻干结束之后的箱内压塞、冷凝器除霜以及蒸汽消毒不能自动进行，需要人工操作，特别是蒸汽消毒部分，因涉及到许多阀门控制，人工操作比较麻烦，应该选择自动消毒程序的冻干机。
有些冷冻干燥机的自动控制是使用专用微机，操作、编程方便，显示的语言是冻干专用语言，还带有荧光屏，打印机和软盘，能同时储存几十个冻程序，每个程序内容可显示，整个程序内容可由打印机打出。而有冻干机的自动控制使用的是一种仪表，操作、编程均较麻烦，可储存的冻干程序也较少。
记录仪表对冷冻干燥机来说也是一个很重要的仪器，它能把整个冻干的实际过程真空地记录下来，以便日后存查，记录仪表大都采用多点记录仪，它既能打点，又能直接进行文字记录，还有数字显示系统。